Makoto Konno berada di tahun terakhir sekolah menengahnya, tetapi kesulitan memutuskan apa yang harus dilakukan dengan masa depannya. Di antara menahan tekanan dari gurunya dan menghabiskan waktu dengan teman-teman terbaiknya, kehidupan Makoto tiba-tiba berubah ketika dia secara tidak sengaja menemukan bahwa dia benar-benar mampu melompati waktu.
Toki wo Kakeru Shoujo mengikuti Makoto saat dia bermain-main dengan kekuatan barunya. Namun, dia segera belajar dari pengalaman pahit bahwa setiap pilihan memiliki konsekuensi, dan waktu jauh lebih rumit daripada yang terlihat.