Penasaran dengan kisah dewa gunung, Hotaru Takegawa yang berusia enam tahun tersesat di hutan purba saat mengunjungi pamannya. Lelah dan putus asa mencari bantuan, Hotaru sangat senang menemukan roh hutan bertopeng bernama Gin. Dia belajar dengan cara yang pahit bahwa dia tidak boleh menyentuh anak laki-laki itu, atau dia akan menghilang. Meskipun demikian, Gin memimpin Hotaru keluar dari hutan dan memperingatkannya untuk tidak kembali saat dia berjanji untuk datang lagi dengan membawa hadiah.
Tidak mempedulikan kata-kata peringatannya, dan meskipun dipisahkan oleh jarak dan rencana keberadaan, Hotaru dan Gin menjadi teman dekat saat dia mengunjunginya setiap musim panas. Namun, hubungan dan tekad mereka diuji, ketika perasaan romantis bertentangan dengan satu-satunya aturan.
Berdasarkan manga Yuki Midorikawa dengan nama yang sama, Hotarubi no Mori e adalah kisah persahabatan dan kompromi dari dua orang yang seharusnya tidak pernah berpapasan, karena hidup mereka menjadi terjalin tanpa harapan.