I”s – Karakter utama cerita ini adalah siswa sekolah menengah 16 tahun Ichitaka Seto, yang jatuh cinta dengan teman sekelasnya, Iori Yoshizuki, tetapi terlalu malu untuk menceritakannya. Berkali-kali, ia berencana untuk menceritakan perasaannya yang sebenarnya, tetapi setiap kali sesuatu (biasanya, kesalahpahaman) menghalanginya. Keadaan menjadi lebih rumit ketika Itsuki Akiba kembali ke Jepang; dia adalah seorang gadis yang berteman dengan Ichitaka di masa kecil mereka sebelum dia pindah ke Amerika Serikat, dan yang sangat menyukainya.